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产品信息
产品名称 | 货号 | 规格 |
---|---|---|
RNasee R (20U/μL) | HBP004600-1 | 25μL |
RNasee R (20U/μL) | HBP004600-2 | 250μL |
产品概述
RNase R(Ribonuclease R)是一种来源于大肠杆菌 RNR 超家族的 3’-5’核糖核酸外切酶,可从 3’-5’方向将 RNA 逐步切割成二核苷酸和三核苷酸。RNase R 可消化几乎所有的线性 RNA 分子,但不易消化环形 RNA、套索结构或 3’突出末端少于 7 个核苷酸的双链 RNA 分子。RNase R 常用于基因表达和可变剪切研究,可消化线性 RNA以使环形 RNA(circRNAs)或套索结构 RNA(lariat RNA)得到富集。RNase R 酶切线性RNA 以富集环状 RNA,用于从 total RNA 中构建内含子 cDNA 文库。
产品组分
HBP004600-1 组分 | 浓度 | 体积 |
---|---|---|
RNase R(20 U/μL) | 20U/ μL | 25 μL |
10×Reaction Buffer | \ | 1 mL |
HBP004600-2 组分 | 浓度 | 体积 |
RNase R(20 U/μL) | 20U/ μL | 250 μL |
10×Reaction Buffer | \ | 10 mL |
运输与保存方法
≤0℃运输;-25~-18℃保存。
产品信息
产品名称 | RNase R |
---|---|
产品性状 | 澄清透明液体 |
活性单位定义 | 在标准反应体系下,37 ℃ 10 分钟内将 1 μg poly-r(A) 转化成酸溶性的核苷酸所需要的酶量定义为一个活性单位 (U) |
反应最适温度 | 37 ℃ |
储存缓冲液 | 50 mM Tris-HCl (pH 7.5 @ 25°C),100 mM NaCl,1mM DTT, 0.1 mM EDTA,50%Glycerol,0.1% Triton® X-100 |
10×Reaction buffer | 200 mM Tris-HCl (pH8.20 @25℃),1 mM MgCl2,1 M KCl |
储存条件 | -25 ~ -18℃,避免反复冻融 |
质量控制
- 纯度(SDS-PAGE):≥95%.
- E. coli 残留 DNA: RT-qPCR 检测 10 μ L RNase R 的 16S rDNA 基因的 Ct 值≥35。
- 核酸内切酶的活性:在含有至少 10 U RNase R 的 20 μL 反应中,与 1 μg dsRNA 在 37℃下孵育 4 小时,没有检测到降解。
- Dnase 的活性:在含有至少 10 U RNase R 的 10 μL 反应中,与 1 μg pUC19 DNA 在 37℃下孵育 4 小时,没有检测到降解。
- 功能分析:RNase R 在含有 10 U RNase R和 3 μg 293T 细胞的总 RNA 混合物的反应中进行功能测试。RT-qPCR 检测 RNA 丰度。经 RNase R 酶切和不酶切计算,线性 RNA 的 ΔCt 值≥4.5,环形 RNA 的 ΔCt 值≤1。
反应体系和条件
组分 | 体积(20μL) | 体积(50μL) |
---|---|---|
无核酸酶水或 DEPC 处理水(20U/μL) | Up to 20 μL | Up to 50 μL |
10×Reaction Buffer | 2 μL | 5 μL |
RNA | <5 μg | >5 μg |
RNase R (20 U/μL) | 1-3 U/μg RNA | 1-3 U/μg RNA |
按以上顺序添加反应组分
*RNase R 需要低(0.1-1.0 mM)镁浓度才能发挥活性。底物RNA 溶液中 EDTA 浓度低会对 RNase R 活性产生负面影响。MgCl2 高达 1mm 的终浓度可用于补偿底物中的 EDTA。37℃时活性最佳。
反应时间:37℃孵育 15 min。
反应终止:70°C 加热 10 min。
纯化回收 消化后的 RNA 可使用苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1, V:V)溶液(或 Trizol Reagent)抽提,再使用乙 醇沉淀回收;或者使用 RNA纯化柱或磁珠进行纯化回收。
常见问题
- 消化时间的选择
一般 10-30 min 即可消化掉大部分线性RNA,RT-qPCR 检测线性 RNA 丰度有几百倍的降低,也可按需求适当延长消化时间,但不推荐 1h 以上的消化,因为时间过长可能导致少数耐受力弱的环状 RNA 被消化。
- 内参的选择与定量计算
情况 1:RNase R 消化后“直接”进行RT-qPCR 检测对消化组(RNase R+)与对照组(RNase R-)的 circRNA 的进行定量计算时,应统一以对照组(RNaseR-)的β-actin 或 GAPDH 为内参。
情况 2:RNase R 消化后“纯化回收”再进行 RT-qPCR 检测在纯化前加入少量其他物种的 RNA 作为外参,统一以外参标准化样品后再进行计算。
3 . 实验结果一致性(重复性)差
① RNase R 消化/逆转录/PCR 过程中加样不准确;
② RNase R 的用量有偏差;
③ 其他 RNase 污染。
4 . 线性 RNA 未消化
① 反应 体系 中的 NaCl 浓度 过高 抑制 了RNase R 的活性,或存在 RNase R 的失活剂EDTA;
② 某些没有 3’突出末端的结构化线性RNA 或含有 G-四联体的线性 RNA 可能耐受RNase R 消化。
5 . 环状 RNA 也被消化
①外源 RNase 污染,使用 RNase-Free 耗材,反应体系可适当加入 RNase 抑制剂;
②少数环状 RNA 耐受 RNase R 消化力弱的,可尝试减少 RNase R 用量或缩短消化时间。
为什么全新升级BST?
但同时,随着合作伙伴不断拓展产品应用场景到兽检、宠物检、农林传染病及转基因检测、生殖健康及呼吸道健康检测等领域,产品性能要求更便捷、更准确、更灵敏,对核心原料BST提出了更高的要求。
新版BST有哪些特性?
从用户需求出发,全新BST V2的特性具有如下几个特点,总的来说是特别抗造,以适应分子POCT的使用要求:
A 扩增速度快:在应用体系中,CT值更低,更快出阳性结果;
B 样本兼容性好:兼容多种DNA 和 RNA 靶标检测,检出限低,方便客户题快速匹配引物开发;
C 抗抑制强:各项抑制成分耐受强,更适合免提取扩增体系开发,客户产品覆盖范围更广;
D 特异性高,假阳性控制好:带可逆适配体修饰,常温下酶活封闭,LAMP/RT-LAMP 60 分钟内不起峰;
E 稳定性优,且全系列可冻干:全系列热稳、冻融稳定性好,无甘油版本方便进行冻干试剂开发;
F Triton-Free 和 DTT-Free
G 大规模稳定生产,批间差稳定:用户后续产品上市放量,后顾无忧。
用户使用反馈怎么样,有数据展示吗?
此次产品升级,我们基于有成熟产品广泛使用,有多应用领域项目经验的几家大客户深入沟通,对标其现用进口原料性能及产品升级需求,汇总后有针对性的提出了全新的更高的技术要求。
经过近两年的攻坚开发,配合种子客户近半年的密集多维度评测,已在多家种子客户评测通过,在稳定使用中。经过多方面慎重评估,我们才决定在此节点对外宣传推广,以下是用户评测及对照评测的数据。
全新BST部分评测数据展示
4.1扩增速度快
A. 在三个浓度梯度下,WS Bst DNA 聚合酶 V2 均可进行全检,竞品N 公司在 0.5 cp/μL 时无检出
B. 在同浓度(1 cp/μL 和 5 cp/μL)下,WS Bst DNA 聚合酶 V2 出峰时间更快(TTR 所需时间短)
C. WS Bst DNA 聚合酶 V2 和竞品 N 公司 Bst 均能实现整体实验过程假阳性不起峰
4.2样本兼容性
DNA 体系(LAMP)
RNA 体系(RT-LAMP)
A. Bst DNA 聚合酶 V2,内部进行测试,兼容DNA 和 RNA体系,扩增效果好。
4.3 LAMP/RT-LAMP假阳性控制
可逆适配体封闭修饰:与基于抗体的方法学类似,适配体修饰也是一种酶活封闭的方法。酶的失活是通过适配体与聚合酶在较低温度下的紧密结合,在工作温度下,适配体与酶的结合解开,启动酶活性。
如图举例:在使用 SARS-CoV-2 进行扩增检测时的 NTC 峰图
30°C 和65°C 下酶的活力与 Company N 对比
A. 在进行适配体修饰封闭之后,WS Bst DNA 聚合酶 V2(HMD7006与HMD7007)在 30 ℃下酶活性比 Company N更低,封闭效率更高,对控制非特异性扩增更有利。
B. 在工作温度下(65℃),活性释放彻底,与Company N 无差异。
C. 在 RT-LAMP 真实使用中,NTC 在 60 分钟内不起峰。
4.4 抗抑制能力
盐酸胍
异硫氰酸胍
氯化钾 (KCL)
A. 盐酸胍与异硫氰酸胍是常见的核酸提取残留物,Bst DNA 聚合酶V2(HMD7005)在同等浓度抑制下相对活力比竞品Bst 更优
B. 在 KCl 和NaCl 盐离子抑制下,同等情况下比竞品更优
C. 其他抑制:全血(包括单组分)、EDTA、柠檬酸钠、鼻咽拭子等抑制表现与竞品相当或者略优
D. 数据显示有更强的样本直扩适应性,方面后续 LAMP/RT-LAMP 试剂开发
4.5.可冻干酶的稳定性,100 % 无甘油
A. Bst DNA 聚合酶V2 及WS Bst DNA 聚合酶V2全系列产品,在 37 ℃ 下孵育 0天,3天和7天下活力保持不变
B. 为保证 LAMP/RT-LAMP 冻干试剂的开发,无甘油 Bst DNA 聚合酶V2系列(HMD7005、HMD7006、HMD7007)在反复冻融 40 次之后活力依旧保持不变。
如何选型及产品系列?
如何申请试用装?
如需申请试用装,请扫码填写以下信息即可,我们客户经理会第一时间联系安排。
在设计RT-qPCR实验过程中,决定是否要使用总RNA或纯化的mRNA作为模板进行逆转录十分重要。尽管mRNA可能能够提供略高的灵敏度,但总RNA仍经常使用。其原因是总RNA作为起始材料具有较mRNA更重要的优势。首先,其过程需要较少的纯化步骤,这确保了更好的定量回收模板和更好的把结果标准化为起始的细胞数。其次,其避免了mRNA富集步骤,这能够避免由于不同mRNA的回收率不同而带来的结果偏移的可能性。总的来说,由于在大多数的应用中,目标基因的相对定量比检测的绝对灵敏度更为重要,因此在大多数情况下,总RNA更适用 1 。
在两步法中,有三种不同的方法可用于引发cDNA反应:oligo(dT) 引物、随机引物、或序列特异性引物。通常情况下,是将 oligo(dT) 引物和随机引物进行混合使用。这些引物退火至模板 mRNA 链,并提供给逆转录酶一个用于合成的起点位置。
逆转录酶是利用 RNA 合成 DNA 的一种酶。一部分逆转录酶具有 RNA 酶活性,能够在转录后降解 RNA-DNA 杂交链中的 RNA 链。如果其不具有 Rnase 酶活性,可加入 RNaseH 以获得更高的 qPCR 效率。常用的酶包括莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶和禽成髓细胞瘤病毒逆转录酶。对于 RT-qPCR 来说,理想的情况下是选择具有较高热稳定性的逆转录酶,这样 cDNA 的合成能够在较高的温度下进行,确保成功转录具有较高二级结构的 RNA,同时保持其在整个反应过程中的全部活性,从而得到更高的 cDNA 产量。
RNase H 能够从 RNA-DNA 双链中降解 RNA 链,从而允许双链 DNA 的有效合成。然而,当使用长 mRNA 作为模板,RNA 可能被过早的降解,从而导致截短的 cDNA。因此,在 cDNA 克隆过程中,如果需要合成长的转录物时,尽量减小 RNase H 的活性通常是有益的。与此相反,拥有 RNase H 活性的逆转录酶通常有利于 qPCR 的应用,因为它们能够在 PCR 的第一个循环中提高 RNA-DNA 双链的熔解。
定量逆转录PCR(quantitative reverse transcription PCR, RT-qPCR)是应用于以RNA作为起始材料的PCR实验中的一种实验方法。在该方法中,总RNA或信使RNA(mRNA)首先通过逆转录酶转录成互补DNA(cDNA)。随后,以cDNA为模板进行qPCR反应。RT-qPCR已被用于多种分子生物学的应用中,其中包括基因表达分析、RNA干扰验证、微阵列验证、病原体检测、基因测试和疾病研究。
RT-qPCR可通过一步法或两步法来完成,一步法RT-qPCR把逆转录与PCR扩增结合在一起,使逆转录酶与DNA聚合酶在同一管内同样缓冲液条件下完成反应。一步法RT-qPCR只需要利用序列特异性引物。在两步法RT-qPCR中,逆转录和PCR扩增过程是在两个管中完成,使用不同的优化的缓冲液、反应条件、以及引物设计策略。
DNA LAMP,用的钙黄绿素可视法,跑电泳也是有扩增,追加:加大酶量2ul,做了一个阴性对照和阳性对照是正常的,第二天做样品+阳性对照和阴性对照又全部假阳性了
瀚海新酶的APS-5发光液到平台期时间最短,符合poct需求,有液态、固体粉末两种样式,热风(70-80℃)环境中,底物活性受到影响。
PCR,即聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR),主要由高温变性、低温退火和适温延伸三个步骤反复的热循环构成:即模板DNA先经高温变性为单链,在DNA聚合酶和适宜的温度下,两条引物分别与两条模板DNA链上的一段互补序列发生退火,接着在DNA聚合酶的催化下以四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTPs)为底物,使退火引物得以延伸,如此反复,使位于两段已知序列之间的DNA丨片段呈几何倍数扩增。
这款Bst DNA 聚合酶V2 没有热启动功能。
Cap1-GAG是单一组分的帽类似物,结构为m7G(5’)ppp(5’)(2’OMeA)pG,分子式C32H43N15O24P4,分子量1145.66。产品用于起始序列为5’AG3’的转录,通过共转录加帽产生天然的Cap1结构,与传统加帽方法产生的Cap0相比,Cap1-GAG产生的Cap1结构使mRNA具有更高的体内活性和翻译效率。Cap1-GAG为溶液钠盐形式,超纯水配置。
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